MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 1066

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	GAG	2	6	1299	1304	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010369	TCC	2	6	1326	1331	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_010369	GCT	2	6	1364	1369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010369	GTA	2	6	1414	1419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010369	GTC	2	6	1441	1446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010369	CGT	2	6	1476	1481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010369	AGT	2	6	1482	1487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010369	TCA	2	6	1580	1585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010369	AGC	2	6	1586	1591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010369	CAG	2	6	1608	1613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010369	TC	3	6	1621	1626	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_010369	GA	3	6	1639	1644	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010369	ACA	2	6	1751	1756	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_010369	CGG	2	6	1781	1786	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010369	CAA	2	6	1891	1896	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_010369	TTG	2	6	1917	1922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010369	CAGCT	2	10	1946	1955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_010369	ATC	2	6	1993	1998	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010369	GAG	2	6	2483	2488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010369	AGA	2	6	2884	2889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010369	ACC	2	6	4191	4196	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_010369	CATT	3	12	4215	4226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_010369	GTG	2	6	4242	4247	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010369	AAT	2	6	4259	4264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010369	ATGA	2	8	4285	4292	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010369	ACT	2	6	4298	4303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_010369	TGA	2	6	4313	4318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010369	AATG	2	8	4340	4347	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010369	CGT	2	6	4446	4451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010369	AGC	2	6	4455	4460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010369	CAAAAA	2	12	5004	5015	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010369	CTA	2	6	5038	5043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010369	GCGAC	2	10	6558	6567	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010369	ACT	2	6	6643	6648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010369	GGGAG	2	10	6690	6699	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010369	GTG	3	9	6733	6741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010369	GCG	2	6	7826	7831	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010369	TAC	2	6	7851	7856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_010369	AGTCCG	2	12	7925	7936	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010369	GTG	2	6	7950	7955	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010369	TGA	2	6	7971	7976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010369	TTG	2	6	7978	7983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010369	CAT	2	6	8007	8012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010369	CAC	2	6	8090	8095	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_010369	CGT	2	6	8107	8112	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_010369	GGT	2	6	8129	8134	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010369	GCT	2	6	8139	8144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010369	CTC	2	6	8165	8170	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_010369	AC	3	6	8186	8191	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_010369	CGCC	2	8	8200	8207	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
51	NC_010369	CAT	2	6	8213	8218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_010369	AGG	2	6	8250	8255	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010369	GGT	2	6	8263	8268	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010369	GCTA	2	8	8315	8322	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_010369	GTAG	2	8	8341	8348	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010369	AAG	2	6	8867	8872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010369	AAT	2	6	8891	8896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010369	TGTCT	2	10	8951	8960	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010369	TAG	2	6	9001	9006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010369	GAG	2	6	9047	9052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010369	ACT	2	6	9073	9078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_010369	AGAT	2	8	10260	10267	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010369	TGA	2	6	11543	11548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010369	GAT	2	6	11605	11610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010369	CCCA	2	8	11615	11622	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_010369	ACCGA	2	10	11627	11636	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_010369	CAC	2	6	11639	11644	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_010369	AAAC	2	8	11655	11662	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010369	CTG	2	6	11671	11676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010369	ACTC	2	8	11678	11685	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010369	TAG	2	6	11730	11735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010369	GGTC	2	8	11748	11755	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_010369	GAG	2	6	11775	11780	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010369	G	6	6	11780	11785	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010369	ACT	2	6	11802	11807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010369	CAG	2	6	11817	11822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010369	TA	3	6	11856	11861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010369	CTC	2	6	11886	11891	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_010369	TC	3	6	11903	11908	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_010369	GAA	2	6	12150	12155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010369	CA	3	6	12194	12199	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_010369	CTT	2	6	12274	12279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010369	ACG	2	6	12374	12379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010369	CTT	2	6	13770	13775	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010369	GT	3	6	13838	13843	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010369	AGTA	2	8	14853	14860	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010369	TA	5	10	14859	14868	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010369	GCCA	2	8	14883	14890	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_010369	TGCAG	2	10	14902	14911	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_010369	CGG	2	6	14942	14947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010369	GAGT	2	8	14985	14992	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010369	C	6	6	16779	16784	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
93	NC_010369	ATC	2	6	16804	16809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010369	GAG	2	6	16817	16822	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010369	GAAG	2	8	16827	16834	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010369	AAG	2	6	16863	16868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010369	CCT	2	6	16881	16886	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_010369	TTGA	2	8	16986	16993	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010369	AC	3	6	18206	18211	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010369	ACG	2	6	18305	18310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010369	CCG	2	6	18385	18390	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_010369	CGG	2	6	18392	18397	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010369	CG	3	6	18440	18445	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_010369	ACC	2	6	18471	18476	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_010369	GCT	2	6	18484	18489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010369	GCT	2	6	18496	18501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010369	AGG	2	6	18519	18524	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010369	AAC	2	6	18576	18581	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010369	ACC	2	6	18606	18611	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_010369	ATC	2	6	18868	18873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010369	GGT	2	6	19252	19257	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010369	GGA	2	6	20640	20645	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010369	TCC	2	6	20707	20712	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_010369	ACG	2	6	20722	20727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_010369	CGC	2	6	20737	20742	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_010369	GA	4	8	20761	20768	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010369	ACCCC	2	10	23012	23021	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
118	NC_010369	CGT	2	6	23029	23034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_010369	CGT	2	6	23083	23088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_010369	CCCCA	2	10	23098	23107	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
121	NC_010369	CGT	2	6	23114	23119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_010369	TAG	2	6	23134	23139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010369	GGAG	2	8	24400	24407	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010369	ACC	2	6	24427	24432	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_010369	GA	3	6	24526	24531	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010369	CA	3	6	24578	24583	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_010369	CGT	2	6	24595	24600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010369	GGGGA	2	10	24616	24625	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010369	GAA	2	6	24629	24634	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010369	ACG	2	6	24642	24647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_010369	AGC	2	6	24699	24704	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010369	CCT	2	6	24747	24752	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_010369	AGTT	2	8	24814	24821	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010369	ACG	2	6	24903	24908	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_010369	G	6	6	24916	24921	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010369	CCAC	2	8	24953	24960	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
137	NC_010369	ACG	2	6	24969	24974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_010369	GTGGG	2	10	24980	24989	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010369	TCC	2	6	24992	24997	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_010369	CCAT	2	8	25030	25037	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_010369	TCG	2	6	25051	25056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_010369	TCC	2	6	25081	25086	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_010369	CGC	2	6	25757	25762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_010369	TGA	2	6	25783	25788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010369	CGG	3	9	26286	26294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_010369	GCC	2	6	26298	26303	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_010369	GAA	2	6	26358	26363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010369	GTC	2	6	26367	26372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_010369	GCC	2	6	26422	26427	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_010369	GCA	2	6	26429	26434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_010369	GGC	2	6	26471	26476	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_010369	CGG	2	6	26485	26490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_010369	GCC	2	6	26494	26499	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_010369	AGC	2	6	26536	26541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_010369	CTCGA	2	10	26623	26632	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_010369	GCG	2	6	26695	26700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_010369	ATCGT	2	10	26727	26736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_010369	CTG	2	6	26739	26744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_010369	CTG	2	6	26818	26823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_010369	CAG	2	6	26889	26894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_010369	TGT	2	6	26909	26914	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_010369	GAG	2	6	26964	26969	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010369	TGG	2	6	26996	27001	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_010369	CG	3	6	27055	27060	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
165	NC_010369	CGT	2	6	27084	27089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_010369	GTA	2	6	27144	27149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_010369	TAG	2	6	27171	27176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_010369	TTC	2	6	27227	27232	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_010369	TCC	2	6	27607	27612	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
170	NC_010369	TTG	2	6	27655	27660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NC_010369	GAC	2	6	27675	27680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_010369	CTG	2	6	27689	27694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_010369	ACT	2	6	27703	27708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_010369	CTT	2	6	27714	27719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_010369	TA	3	6	27720	27725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_010369	CGT	2	6	28680	28685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_010369	GTG	2	6	28694	28699	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
178	NC_010369	GCC	2	6	29435	29440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
179	NC_010369	ACT	2	6	29443	29448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_010369	TAC	2	6	29452	29457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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182	NC_010369	AGA	2	6	29472	29477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_010369	CCAC	2	8	32881	32888	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
187	NC_010369	TCG	2	6	32955	32960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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189	NC_010369	GAA	2	6	33068	33073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_010369	CG	3	6	33185	33190	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
192	NC_010369	ATC	2	6	33216	33221	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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196	NC_010369	GCC	2	6	33263	33268	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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229	NC_010369	CGGAG	2	10	45337	45346	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
230	NC_010369	CA	3	6	45377	45382	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
231	NC_010369	A	7	7	45385	45391	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_010369	CA	3	6	46896	46901	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
233	NC_010369	ATC	2	6	48356	48361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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241	NC_010369	GGT	2	6	49652	49657	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
242	NC_010369	AGC	2	6	49659	49664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
243	NC_010369	CGC	2	6	49667	49672	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
244	NC_010369	CGGGCG	2	12	49728	49739	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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252	NC_010369	AG	3	6	51756	51761	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_010369	CGATG	2	10	56067	56076	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
273	NC_010369	TAG	3	9	56125	56133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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278	NC_010369	GT	3	6	56555	56560	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
279	NC_010369	GAAT	2	8	56568	56575	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
280	NC_010369	GGC	2	6	56587	56592	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_010369	CAC	2	6	56775	56780	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
282	NC_010369	CTC	2	6	57131	57136	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
283	NC_010369	GAG	2	6	57167	57172	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
284	NC_010369	AAC	2	6	57197	57202	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
285	NC_010369	TAG	2	6	57238	57243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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